Concours INSERM post d’ingénieur en traitement de données / enquêtes

Affectation : UMR 1312 - Institut d'oncologie de Bordeaux (BRIC), Bordeaux

À propos de la Structure :
La nouvelle unité de recherche « BoRdeaux Institute of onCology » (BRIC) sur le cancer regroupe 260 personnes réparties dans 8 équipes de recherche labellisées, une équipe ATIP/Avenir et deux équipes en émergence, sous les tutelles de l’Inserm et de l’Université de Bordeaux. L’unité 1312 a été créée le 1er janvier 2022 sous la direction de Frédéric Saltel, Directeur de Recherche Inserm.

Description des missions

La personne recrutée aura pour mission d’accompagner les chercheurs de l’unité BRIC Inserm
1312 dans le traitement bioinformatique et biostatistique de leurs données « omiques » en
proposant des protocoles adaptés. Il/Elle devra participer activement à la structuration des
compétences de gestion de données au sein de l’unité en facilitant les échanges entre
plateformes analytiques, en aidant à optimiser la valorisation des données « omiques » de
l’unité, et fournir des outils adaptés pour leur représentation graphique. Il/Elle devra organiser
des actions de formation interne et assurer de la veille technologique.

Activités principales :
- Interagir et apporter un support technique et de représentation graphique à l’ensemble de l’unité pour les différents projets de génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique.
- Conseiller les utilisateurs (chercheurs, cliniciens, pathologistes) pour la mise en œuvre des méthodes d'études, traitement statistique et d'interprétation des résultats.
- En collaboration avec la plateforme Oncoprot (TBM Coree, US005), développer des outils bioinformatiques, biostatistiques et de machine learning sépcifiquement dédiés au profilage protéomique tissulaire. Les appliquer ensuite aux projets des différents groupes de recherche de l’unité BRIC U1312 qui ont pour objectifs d’identifier des signatures diagnostiques, pronostiques ou prédictif de la réponse aux traitements anti-cancéreuse et de les appliquer en usage clinique (cancer du foie, pancréas, colon, estomac, etc).
- Concevoir, élaborer et gérer des structures de bases de données et de systèmes d'information permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données « omiques » générées par l’unité BRIC U1312.
- Gérer les moyens techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et de traitement de données.
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales.
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de traitement des données « omiques » et de leur représentation.

Activités associées
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine du traitement bioinformatique et statistique des données « omiques ».
- Participer à des réseaux professionnels d'échange de compétences en traitement des données « omiques ».

Profil recherché

Connaissances :
- Connaissances approfondies des langages de programmation (R, Python), librairies R et Python pour le traitement et l’analyse de données.
- Connaissances approfondies des outils informatiques d’analyse des données « omiques » et plus spécifiquement des données de protéomique..
- Connaissances approfondies des outils de représentations graphiques (package ggplot2 et heatmap de R).
- Connaissances approfondies de l’utilisation des algorithmes de machine learning et leur application sur des jeux de données.
- Connaissances approfondies en statistiques.

Savoir-faire :
- Création et gestion de bases de données en utilisant des systèmes de gestion de base de données de type relationnel (SGBDR), MySQL comme SGBDR, combiné au langage Python pour la création et l’administration de la base de données.
- Savoir créer des fonctions et de classes (attributs et méthodes) dédiées au traitement et l’analyse des données.
- Savoir gérer, visualiser et maîtriser les techniques d’imputation des données manquantes.
- Savoir identifier les tests statistiques paramétriques ou non-paramétriques adaptés au jeu de données et les appliquer.
- Savoir extraire un signature significative transcriptomique, protéomique et métabolomique.
- Savoir vérifier la robustesse d’une signature par bootstrap resampling et sa pertinence biologique par Gene Set Enrichment Analysis.
- Savoir représenter les données (volcanoplots, heatmap, réseaux fonctionnels, tech…) selon l’objectif défini par l’utilisateur pour la valorisation de résultats de transcriptomique, protéomique et métabolomique.
- Savoir appliquer les méthodes statistiques pour comparer des distances de profils transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques (distance euclidienne, Random Forest SVM, C5.0, test d’indépendance du chi-deux et similarité cosinus).
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats rendus aux chercheurs.

Aptitudes :
- Rigueur.
- Sens du travail en équipe.
- Adaptabilité.
- Sens relationnel.

Localisation du poste

L'agent exercera ses activités au sein de la cellule Data Mangement de l’unité U1312 BRIC .Il sera rattaché hiérarchiquement au Dr Frédéric Saltel, directeur de l’unité U1312. L’agent travaillera sous la responsabilité fonctionnelle du responsable de la cellule Bioinformatique et Data management de l’unité BRIC.

Fiche technique