Offre de thèse – TRIO2 – NAOS – 2024-05

L'équipe 5 de BRIC (INSERM U1312, https://www.bricbordeaux.com/en/bric-team/recherche-translationnelle-en-cancerologie-cutanee-et-maladies-cutanees-rares/), co-dirigée par le Dr. Dr. Rezvani et Pr. Beylot-Barry, est composée d'environ 40 chercheurs, cliniciens, enseignants, techniciens et ingénieurs, en interaction synergique avec les équipes du Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux. Cette équipe labellisée INSERM souhaite recruter un nouveau doctorant dans le cadre d'un projet intitulé « Etude des mécanismes de l'apparition des zones hypo et hyper-pigmentées de la peau ». Ce projet sera réalisé en collaboration avec NAOS ILS dans le cadre d’un contrat CIFRE.


Description des missions

Résumé du projet :
La peau, plus grand organe du corps humain, assure la protection du corps vis-à-vis des agressions extérieures (chimiques, physiques, microbiologiques, pollution, UV...). Une des voies de protection face aux effets délétères des UV est la mélanine, produite par les mélanocytes au sein de la couche basale de l'épiderme, puis transférée aux kératinocytes avoisinants avant d'être dégradée dans les couches supérieures de l'épiderme. Sa répartition entraîne une pigmentation macroscopique homogène de la peau. Dans certaines pathologies, le cycle de production-transfert-dégradation est perturbé, entraînant l'apparition de zones hypo ou hyperpigmentées. Ces pathologies ont un fort retentissement psychologique. Dans ce projet, nous visons à identifier les mécanismes impliqués dans l'apparition de taches hypo et hyper-pigmentées et à trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. À cette fin, des approches omiques (transcriptomiques et protéomiques spatiales) seront appliquées sur des biopsies prélevées dans les zones hypo et hyper-pigmentées, ainsi que dans des zones adjacentes cliniquement saines.
Les technologies permettant une analyse spatiale de l’expression des gènes et protéines sont récentes et de nouvelles méthodes bioinformatiques spécifiques à ce type de données sont proposées [PMID: 36147664]. Les avancées rapides dans la transcriptomique spatiale offrent des ensembles de données de plus en plus vastes et complexes, permettant une résolution subcellulaire et une compréhension approfondie des interactions cellulaires. Cependant, le traitement et l'analyse de ces données massives posent des défis computationnels considérables, notamment en raison de la taille des ensembles de données, qui peuvent atteindre des dizaines de téraoctets par échantillon. De plus, l'intégration de différentes méthodes d'analyse, telles que la modélisation statistique et les techniques d'apprentissage automatique, avec les connaissances biologiques actuelles est essentielle pour interpréter correctement ces données. En outre, la visualisation et le partage interactifs des résultats d'analyse présentent des obstacles techniques, nécessitant le développement de nouveaux outils et plateformes pour faciliter la collaboration et l'accès aux données spatiales.
Afin d’identifier les processus biologiques impliqués dans l'apparition de taches hypo et hyper-pigmentées, le/la doctorant·e évaluera et comparera les outils analytiques existants sur chaque type d’ « omique » au regard des challenges cités ci-dessus et développera une méthode permettant l’intégration multi-omique avec les bases de connaissances biomédicales (interactions gènes/gènes, gènes/médicament). Aussi, la dimension spatiale amènera le/la doctorant·e à s’intéresser et intégrer les connaissances sur la communication inter-cellulaire. Enfin, le/la doctorant·e développera des métaphores visuelles et un outil d’exploration et visualisation des données et des résultats.
Le/la doctorant·e sera formé·e par un directeur de thèse expert en biologie de la peau et un co-directeur expert en bioinformatique. De plus, cette thèse sera menée dans le cadre d'une bourse CIFRE, offrant une opportunité unique au doctorant d'acquérir une expérience précieuse à la fois dans un environnement académique et industriel.


Conditions

PROCÉDURE DE CANDIDATURE
Nous recherchons un·e candidat·e talentueux·euse et motivé·e, ayant une expérience en bioinformatique*, pour rejoindre notre équipe de recherche dynamique. Il ou elle jouera un rôle crucial dans le traitement, l'analyse et l'interprétation de jeux de données omiques générés à partir de nos modèles expérimentaux et échantillons de patients, en utilisant le séquençage d'ARN à cellule unique et la transcriptomique spatiale.
* Etudiant·e titulaire d’un master 2 de bioinformatique ou assimilé (ou informatique mais avec une forte inclination pour la biologie), disposant des compétences suivantes :
• Connaissances en bioinformatique, (bio)statistique et biologie
• Connaissances en analyse de données omiques serait appréciées
• Maîtrise de l’environnement linux/unix
• Maîtrise du langage R et d’un langage de programmation (python, C, ...)
• Motivation pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire
• Rigueur et esprit de synthèse, ainsi que capacité à travailler en équipe.
Les candidats doivent envoyer un seul fichier PDF (interligne simple, police Arial 11 points) contenant :
Un CV (2 pages)
2 lettres de recommandation
Ce document doit être envoyé à hamid-reza.rezvani@u-bordeaux.fr.
Les candidats présélectionnés seront interviewés par le comité scientifique de TRIO2 et NAOS ILS.
Ouverture de l'appel : 1er mai 2024
Date limite de dépôt des candidatures : 31 Mai 2024
Entretien avec les membres du comité scientifique de TRIO2 et de NAOS ILS : Courant Juin 2024
Notification des candidats sélectionné & dépôt de thèse CIFRE ANRT : Courant Juillet 2024

Localisation du poste

Bordeaux,
2 rue Dr Hoffman Martinot
site Carreire Université de Bordeaux


Fiche technique


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