Marion Bouchecareilh et Samuel Amintas de l’équipe 8 « Biotherapies Génétique et Oncologie » (BioGO) invitent deux orateurs de l’Université Paris Cité, Centre de recherche sur l’inflammation, INSERM 1149, Equipe Sinkus (Du micro au macro dans le développement du cancer) pour ce séminaire ouvert à la communauté scientifique.

👉 Aurélie Beaufrère

Hétérogénéité morphologique et moléculaire du carcinome hépatocellulaire.

Résumé :
Le carcinome hépatocellulaire est la 1^ère tumeur primitive hépatique maligne en termes de fréquence. Cette tumeur est très hétérogène à la fois sur le plan morphologique avec notamment 8 sous-types histologiques décrits et sur le plan moléculaire avec en particulier des groupes transcriptomiques distincts décrits liés à la fois aux altérations génomiques et aux aspects morphologiques. Ces caractéristiques pour certaines impactent à la fois le pronostic et la réponse aux traitements.

Biographie :
Actuellement MCU-PH au sein du département de Pathologie de l’hôpital Beaujon, mes axes hospitaliers et de recherche se concentrent sur la pathologie hépatique et plus particulièrement la pathologie hépatique tumorale. Je développe des projets sur l’hétérogénéité morphologique et moléculaire des tumeurs primitives hépatiques, mais également des projets d’intelligence artificielle multimodaux intégrant les données pathologiques, radiologiques et moléculaires.

👉 Etienne Becht

High-throughput single-cell quantification of 100s of proteins using conventional flow cytometry and machine learning.

Résumé :

Les techniques permettant des analyses protéomiques à résolution unicellulaire sont limitées en nombre de cellules analysées et/ou en nombre de protéines mesurées. Pour outrepasser ces limitations, nous avons développé “Infinity Flow”, une méthode d’analyse de données de cytométrie de flux parallélisée à l’aide de modèles de machine-learning. En permettant la pseudo-quantification de centaines de protéines sur des millions de cellules uniques, cette technique permet de cartographier en profondeur le microenvironnement de tissus complexes. Nous l’appliquons actuellement à l’étude de la cirrhose hépatique et des hépatocarcinomes.

Biographie :

Ingénieur de formation, j’ai effectué une thèse en immunologie du cancer sous la co-direction d’Hervé Fridman (PUPH) et Aurélien de Reyniès (Bioinformaticien) au Centre de Recherche des Cordeliers à Paris. J’y ai développé MCP-counter, une méthode permettant d’estimer la composition du microenvironnement tumoral à partir du transcriptome “bulk”. J’ai ensuite effectué deux post-doctorats, d’abord au Singapore Immunology Network sur l’analyse de données de cytométrie de masse, puis à Seattle sur l’analyse de données de cytométrie en flux parallélisée. J’ai ensuite travaillé en R&D à Servier (équipe de Computational Medicine), avant de rejoindre le laboratoire de Valérie Paradis à l’hôpital en tant que chargé de recherche INSERM. Mon projet porte sur le profilage du microenvironnement hépatique par cytométrie en flux parallelisée, et le développement de méthodes bioinformatiques pour l’analyse de données de cytométrie.