Team 02 – Reprograming tumor activitY and associaTed MicroenvironmEnt (Rytme).

Les recherches de l’équipe Rytme portent sur le rôle de la sécrétion et la maturation des protéines dans le microenvironnement tumoral (cellules tumorales et immunitaires, fibroblastes, etc..) au cours de la progression tumorale et de la métastase. Notre objectif principal est d’évaluer l’utilisation potentielle des voies de sécrétion protéique du microenvironnement tumoral comme marqueurs pronostiques et/ou cibles thérapeutiques. Voir interview TV FR3 2021 : Subconazol, la molécule anti-Covid-19 transfrontalière du Pays basque.
AGRs, furine, convertases, Apeline, Elabela, miroenvironement tumoral, organoïdes, poisson zèbre
Le laboratoire Oncologie & Gynécologie (OncoGyne) se consacre à la recherche translationnelle sur les tumeurs gynécologiques malignes, en partenariat avec l’Institut Bergonié. Nos travaux visent à mieux comprendre les mécanismes de ces cancers et à améliorer la prise en charge des patientes.
Nos axes de recherche sont les suivants :
Nous développons également, via notre plateforme POETIC, des outils pour quantifier les biomarqueurs et cribler des banques de molécules. Cette plateforme permet d’identifier des cibles thérapeutiques et de valider des stratégies thérapeutiques.
Nos projets combinent recherche fondamentale, translationnelle et clinique. Ils s’appuient sur des cohortes de patientes traitées à l’Institut Bergonié et sur des modèles précliniques, incluant des lignées cellulaires et des modèles murins dérivés de tumeurs de patientes, afin de tester et valider nos résultats fondamentaux et translationnels.
Mots-clés : Tumeurs gynécologiques, sarcomes utérins, biomarqueurs, diagnostic, signalisation cellulaire, prise de décision clinique, recherche translationnelle.
Deep Learning Can Accurately Predict the Prognosis of Gynecologic Smooth Muscle Tumors of Uncertain Malignant Potential: A Multicenter Pilot Study.
Costa J, Le VL, De Leo A, Ravaioli C, Velasco V, Davidson B, Skeie-Jensen T, Devouassoux-Shisheboran M, Trecourt A, Bartosch C, Rios E, Genestie C, Pautier P, Lebreton C, Guyon F, Babin G, Coindre JM, Le Loarer F, Saut O, Croce S
Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology ; 2025 Jun 30
The KAT6B::KANSL1 Fusion Defines a New Uterine Sarcoma With Hybrid Endometrial Stromal Tumor and Smooth Muscle Tumor Features.
Trecourt A, Azmani R, Hostein I, Blanchard L, Le Loarer F, Bourdon A, Alame M, Nadaud B, Mayer L, Rebier F, Larmonier C, Moura MS, Soubeyran I, Hartog C, Ray-Coquard I, Treilleux I, Devouassoux-Shisheboran M, Croce S
Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc ; 2023 Oct 01
AGR2 protein expression in colorectal tumour epithelialcompartment.
Chevet E, Bassal F, Beq S, Bonhomme B, Boisteau E, Calloch J, Cazals-Hatem D, Delom F, Fessart D, Evrard S, Hrstka R, Hupp T, Lièvre A, Louis E, Mariau J, Meuwis MA, Ogier-Denis E, Paradis V, Pernot S, Pineau R, Treton X, Velasco V, Vieujean S
Gut ; 2022 Dec 09
Integrative analysis of genomic and transcriptomic alterations of AGR2 and AGR3 in cancer.
Fessart D, Villamor I, Chevet E, Delom F, Robert J
Open biology ; 2022 Jul 01
The Anterior GRadient (AGR) family proteins in epithelial ovarian cancer.
Fessart D, Robert J, Hartog C, Chevet E, Delom F, Babin G
Journal of experimental & clinical cancer research : CR ; 2021 Aug 27
POETIC Plateforme

–
Inactivation of Proprotein Convertases in T Cells Inhibits PD-1 Expression and Creates a Favorable Immune Microenvironment in Colorectal Cancer.
Tomé M, Pappalardo A, Soulet F, López JJ, Olaizola J, Leger Y, Dubreuil M, Mouchard A, Fessart D, Delom F, Pitard V, Bechade D, Fonck M, Rosado JA, Ghiringhelli F, Déchanet-Merville J, Soubeyran I, Siegfried G, Evrard S, Khatib AM
Cancer research ; 2019 Oct 01
Loss of the proprotein convertase Furin in T cells represses mammary tumorigenesis in oncogene-driven triple negative breast cancer.
He Z, Khatib AM, Creemers JWM
Cancer letters ; 2020 Aug 01
Le plateau technique RNAExplore est spécialisé dans la transcriptomique spatiale, une approche permettant de caractériser l’expression des ARN tout en conservant leur localisation au sein des tissus. Cette technologie offre une cartographie fine des populations cellulaires, de leurs signatures moléculaires et de leurs interactions avec le microenvironnement tissulaire.
RNAEXplore accompagne les projets de la conception expérimentale à l’analyse des données, pour des applications en cancérologie, neurosciences, immunologie et biologie vasculaire.

XenoFish Platform
La plateforme XenoFish est spécialisée dans l’utilisation du modèle poisson-zèbre
(Danio rerio) pour l’étude in vivo des mécanismes physiologiques, pathologiques et
pour l’évaluation de nouvelles approches thérapeutiques. Sa transparence et son
développement rapide permettent de visualiser et de quantifier en temps réel de
nombreux processus biologiques.
XenoFish accompagne les projets de la conception expérimentale à l’analyse des
données, pour des applications en cancérologie, angiogenèse, inflammation,
toxicologie et évaluation des effets de molécules thérapeutiques.

Modulation of Protein Disulfide Isomerase Functions by Localization: The Example of the Anterior Gradient Family.
Pierre AS, Gavriel N, Guilbard M, Ogier-Denis E, Chevet E, Delom F, Igbaria A
Antioxidants & redox signaling ; 2024 Oct 01
Inactivation of Proprotein Convertases in T Cells Inhibits PD-1 Expression and Creates a Favorable Immune Microenvironment in Colorectal Cancer.
Tomé M, Pappalardo A, Soulet F, López JJ, Olaizola J, Leger Y, Dubreuil M, Mouchard A, Fessart D, Delom F, Pitard V, Bechade D, Fonck M, Rosado JA, Ghiringhelli F, Déchanet-Merville J, Soubeyran I, Siegfried G, Evrard S, Khatib AM
Cancer research ; 2019 Oct 01
The Anterior GRadient (AGR) family proteins in epithelial ovarian cancer.
Fessart D, Robert J, Hartog C, Chevet E, Delom F, Babin G
Journal of experimental & clinical cancer research : CR ; 2021 Aug 27
AGR2 protein expression in colorectal tumour epithelialcompartment.
Chevet E, Bassal F, Beq S, Bonhomme B, Boisteau E, Calloch J, Cazals-Hatem D, Delom F, Fessart D, Evrard S, Hrstka R, Hupp T, Lièvre A, Louis E, Mariau J, Meuwis MA, Ogier-Denis E, Paradis V, Pernot S, Pineau R, Treton X, Velasco V, Vieujean S
Gut ; 2022 Dec 09
Integrative analysis of genomic and transcriptomic alterations of AGR2 and AGR3 in cancer.
Fessart D, Villamor I, Chevet E, Delom F, Robert J
Open biology ; 2022 Jul 01

A.Majid KHATIB
Research Director / DR

Frederic DELOM
Lecturer / MCU
Itxaso AGUIRRE
Post PhD Researcher / Post-doc
Guillaume BABIN
Clinician / PH
Frederic DELOM
Lecturer / MCU
Virginie DINET
Researcher / CR
Sandrine FEDOU
Engineer Assistant / AI
Léna GOSSET
Technician / Tech
Marianne GUILBARD
PhD Student / Doc
Frédéric GUYON
Clinician / PH
A.Majid KHATIB
Research Director / DR
Coriolan LEBRETON
Clinician / PH
Walid MAHFOUF
Engineer / IE
Elodie MUZOTTE
Engineer / IE
Jacques ROBERT
Professor Emeritus / PU émérite
Géraldine SIEGFRIED
Researcher / CR
Saïd TAOUJI
Engineer / IE
Jonathan TURPIN
Post PhD Researcher / Post-doc